Ich musste mit JVC Kameras arbeiten, die ein sehr spezielles Format auf SD Karten schreiben. VLC kann es anzeigen und auch konvertieren, aber immer nur ein File. Hier ein einfaches Shell Script das alle Dateien in einem Ordner konvertiert, läuft auf Linux oder Mac:

#!/bin/bash
MOVIES=~/Videos
find "$MOVIES" -name '*.MOV' -exec sh -c 'ffmpeg -i "$0" -strict experimental "${0%%.MOV}.mp4"' {} \;
exit;

ffmpeg muss installiert sein, es konvertiert praktisch alles in alles mit minimalen Verlusten (wobei mp4 in diesem Fall das bessere Zielformat ist als ogg). Die Option strict experimental benötigt es wegen dem AAC Encoder, die Option -s svga gäbe an, dass das Ergebnis nur SVGA Auflösung haben soll. Weitere Parameter siehe

man ffmpeg

Das Script gibt man in eine Datei convert.sh und dieser Datei musst du noch Ausführungsrechte geben, um sie dann so auzurufen:

chmod +x convert.sh

./convert.sh